2003. október 10-én pattant ki az ún. Károli-ügy. Szexuális irányultsága miatt elbocsátottak egy lelkész-hallgatót a Károli Gáspár Református Egyetemről. Nem sokkal később az egyházi fenntartású felsőoktatási intézmény Kari Tanácsa tanulmányi anyagot bocsátott ki, miszerint homoszexuális irányultságú hallgatók a lelkészképzésben nem vehetnek részt. Többen elítélték az egyetem gyakorlatát, így Magyar Bálint akkori oktatási és Lévai Katalin esélyegyenlőségi miniszter. A Háttér Társaság a Melegekért február 11-én pert indított az ügyben. Végül 2005-ben a Legfelsőbb Bíróság jogerős ítéletében alapvetően az Egyetemnek adott igazat. Kimondták, hogy az egyenlő bánásmódról szóló törvény egyházi felsőoktatási intézményekre is vonatkozik, ez alól csak a hitéleti képzés jelent kivételt.